征收机动车排污费，可以较为有效地控制机动车的排放量，有利于控制机动车造成的大气污染，改善城市环境。但机动车排污费到底该怎么收，却是一个颇值得讨论的问题。
一般来说，按照“谁污染、谁付费”的原则，收取排污费应该遵循两个基本的依据：一是根据机动车的排量大小，这与汽车消费税的征收依据是一样的，排量大的多交，排量小的少交；二是考虑行车里程，也就是“多开的多交，少开的少交”。不过把这两个依据统一起来，设计出一套科学、方便、实用的收费办法，却并不容易，即使像出租车的计价器一样，给每辆车装一个废气排放计量器，也难保不会被做手脚。
就算解决了以上问题，也还必须考虑如下因素：由于机动车尾气排放标准的差异，即使兼顾了排量与行车里程，也还得面临“污染度”不一的问题。比如许多上世纪90年代领牌的“黄标车”，由于尾气排放控制技术落后，尾气排放连欧1标准都达不到，就理当交更多的排污费。正因为如此，欧盟的做法是把要求提给汽车制造商，要求其限期达标，否则将面临严重的处罚。如果单纯向消费者征收排污费，忽视政府自身以及汽车生产厂家的责任，也难言公平。
所以不管征排污费也好，拥堵费也罢，大的理念、方向是没有问题的，关键是如何征收，如何确保公平、避免伤及无辜。这才是老百姓关心的焦点。
其实，有一个“三全其美”的现成办法，就看有关部门愿不愿意用，那就是征收燃油税。道理很简单，控制了燃油，也就控制了汽车消费，控制了污染，而且能够在很大程度上确保公平：排量大、行车里程多、节油技术落后的，行车成本就高；排量小、行车里程少、节油技术先进的，行车成本就低。而且，控制污染的作用还是次要的，征收燃油税的根本利好还在于，可以取代养路费、公路客运附加费、公路运输管理费等相关规费，有利于消除各种不合法、不合理收费——只不过，已经提了十多年的燃油税改革，却迟迟未见落地。社会上对此疑问多多，但不见有关部门回应，个中缘由，不得而知。
退一步而言，即便是要收，作为一项行政事业性收费，机动车排污费也应以“合理补偿管理或服务成本”为原则，通过召开座谈会、听证会等形式，广泛征求社会有关方面的意见；并且在经过地方人大讨论通过后，经过地方性法规来获得授权，才可以合法征收，否则也是“师出无名”。
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